Capilla de Nuestra Señora de los Peligros
La capilla de Nuestra Señora de los Peligros es un conjunto de dimensiones pequeñas, pero bien proporcionadas. El interior se estructura en una cruz latina, encuadrada en una planta rectangular. Se accede a ella a través del atrio situado bajo el coro. La nave principal consta de dos tramos apilastrados a la que se abren cuatro capillas, dos a cada lado, de arcos de medio punto sobre pilares cuadrangulares. Cubierta con bóveda de medio cañón de lunetos. A continuación, encontramos la nave transversal o transepto y en el cruce con la nave principal (crucero) localizamos un cimborrio octogonal constituyendo este la base de una cúpula de media naranja sobre pechinas que sustenta una linterna ciega y cuatro vanos de luz.
En la cabecera del presbiterio se sitúa un ábside plano, al que se abren dos sacristías alargadas, una a cada lado, cerradas con bóveda de medio cañón. Desde ambas sacristías se accede a la capilla de enterramientos (localizada detrás del ábside), donde se encuentran enterrados los fundadores, don Bernardo García y su tío, Blas García, secretario de Felipe IV y natural de Villaseca. También se enterró en ella el doctor don Francisco López de Mena y Magán, canónigo de la Magistral de Alcalá de Henares, capellán de honor del rey, primo del fundador y su primer administrador. Esta cámara sepulcral es de planta octogonal, con bóveda piramidal. Se comunica con el presbiterio a través de un transparente, abierto en el centro del altar mayor. En este hueco se coloca la imagen de Nuestra Señora de los Peligros, presidiendo la iglesia.
En su interior, además, encontramos un fragmento del retablo primitivo de la iglesia parroquial, El Cristo de la Luz, además de diez pequeñas tallas sueltas que podrían pertenecer al mismo retablo parroquial. Destacan, de igual forma, otros dos retablos de estilo plateresco con pinturas de un Cristo camino del Calvario y un Ecce Homo.
La parte del edificio dedicada a hospital es de planta rectangular, con dos alturas y doble crujía. A través de balcones situados sobre los brazos del transepto se abren dos corredores que descansan sobre las capilla laterales y ocultos desde la nave servirían para que los enfermos escucharan misa.
